Das Seeholz ist einer von 22 Standorten in Bayern, in dem die Urwaldrelikt-Käferart Eremit (Osmoderma Eremita) nachweislich existiert. Als weiteres streng geschütztes Urwaldrelikt ist der Schwarze Grubenlaufkäfer (Carabus nadulosus) in den Auwaldbiotiopen des Seeholzes noch heimisch.
Viele der 55 nachgewiesenen Käferarten sind xylobiont (an Holz- bzw. Totholz gebunden) und auf der Roten Liste verzeichnet. Darunter der Schienenkäfer (Isorhipis marmottani = Urwaldrelikt), die Hirschkäferart Aesalus scaraboides, der Schnellkäfer (Ampedus cardinalis = Urwaldrelikt) und der Schwammkugelkäfer (Liodopria serricornis). Die aufgezählten Rote-Liste-Arten sind ausschließlich auf starke, zum Teil geschädigte aber noch lebende Alteichen angewiesen.
Im Vorfrühling fasziniert das Seeholz mit der Massenblüte der Frühlingsknotenblume – auch Märzenbecher genannt – die Besucher. Die weißen Blütenteppiche breiten sich besonders auf Flächen mit hohem Eichenanteil im nördlichen Teil des Seeholzes aus. Leucoju, Verbum, wie der wissenschaftliche Name der Frühlingsknotenblume lautet, siedelt bevorzugt auf feuchtem und nährstoffreichen Untergrund. Der Märzenbecher ist in der Roten Liste der Farn- und Blütenpflanzen mit der Kategorie 3 als gefährdet eingestuft.
Bei mykologischen Exkursionen bzw. Bestandsaufnahmen wurden im Waldbereich des Seeholzes über 400 Pilzarten gezählt, wobei im unsichtbaren Reich der ‘Seeholz-Pilze’ eine mehr als doppelt so hohe Artenzahl vermutet wird. Das NSG Seeholz ist zu den bedeutendsten Standorten seltener Pilzarten im Alpenvorland zu zählen.
